Une collection de minéraux peut s’organiser selon différents critères : taille (micro, miniature, cabinet, musée), espèce minérale, provenance ou forme des cristaux (habitus, géométrie).

Certains collectionneurs s’intéressent également aux défauts de cristallisation et phénomènes rares — comme les pseudomorphoses, périmorphoses, macles ou gwindels.